Die MRT ist unbestritten dasjenige Verfahren, mit dem man heute am besten Bilder des Nervensystems und seiner Erkrankungen anfertigen kann. Für einige Fragestellungen ist zwar die Computertomographie ausreichend, die MRT wird aber zunehmend eingesetzt.
Das gilt nicht nur für das Gehirn, sondern auch für den Rückenmarkskanal und das darin verlaufende Rückenmark sowie die Nervenwurzeln.
Besondere Untersuchungssequenzen existieren für die Darstellung von Entzündungen, Blutungen oder Tumoren, zur Epilepsiediagnostik oder zur Abklärung von Durchblutungsstörungen. Frühzeitig können Schlaganfälle beurteilt werden und ursächliche Verengungen der Blutgefäße gleich mit dargestellt werden (MR-Angiographie).